La historia de la Academia del Olympiacós es larga y tremendamente exitosa. Fue fundada en noviembre de 1974 durante la presidencia de Nicos Gulandrís, teniendo como responsable al Sr. Vitinaros. Los precursores de la Academia y en concreto, del equipo de Juveniles, fueron los míticos “Bebis” que triunfaron en la década de los 60 con Jina Simanovsky como entrenador. El gran portero en los primeros años de historia del club Ajileas Gramaticópulos desempeñó una función importantísima en la creación y el desarrollo de la cantera, dando a conocer numerosos jugadores. Muchos grandes nombres de la historia del club han contribuido al desarrollo de la cantera como Thanasis Bebis, Ilías Rosidis, Ilías Ifandís, Vasilis Carapialis y otros muchos.
Los equipos de la cantera disputan competiciones organizadas en Grecia y en el resto de Europa. Los equipos Sub-20, Sub-17 y Sub-15 sobresalen en los Campeonatos Helénicos respectivos, organizados por la Super Liga desde 2006 (Sub-20 y Sub-17) y desde 2013 (Sub-15).
El OLYMPIACÓS ha acaparado los títulos de los campeonatos de Fútbol Base de la Super Liga durante la presidencia del Sr. Marinakis. Desde 2010 hasta hoy, los equipos Sub-15, Sub-17 y Sub-20 han logrado 13 Campeonatos de Grecia en total.
La Academia tiene como sede el Centro de Entrenamiento de Rentis, construido en 1965, remodelado en 2004 y que a partir de 2010 se ha convertido en uno de los mejores de Europa. En el Centro de Entrenamiento hay un albergue que puede acoger a 28 niños de toda Grecia, los cuales juegan en equipos desde Sub-14 hasta Sub-20. En la presente temporada 2018-19 se entrenan 200 niños en la Academia.
La cantera del Olympiacós ha formado a notables futbolistas que compiten no solo en el primer equipo del club sino en equipos de la Super Liga así como también en las grandes Ligas de Europa.
Jugadores de la cantera que juegan en la selección masculina
| Jugador | Partidos | Goles | Competición |
| Kostas Costas Fortunis | 28 | 3 | Euro 2012 |
| Panayotis Coné | 28 | 2 | Mundial 2014 |
| Kiriacos Papadópulos | 26 | 4 | Euro 2012 |
| Yanis Fetfatsidis | 25 | 3 | Euro 2012, Mundial 2014 |
| Dimitris Eleftherópulos | 12 | – | |
| Dimitris Diamandacos | 5 | – | |
| Jarálabos Licoyanis | 1 | – | |
| Panayotis Retsos | 1 | – |
JUGADORES DE LA CANTERA QUE HAN JUGADO EN LA CHAMPIONS LEAGUE
- Dimitris Eleftherópulos (Olympiacós)
- Costas Fortunis (Olympiacós)
- Yanis Fetfatsidis (Olympiacós) / 1 gol
- Kiriacos Papadópulos (Shalke, Leverkusen)
- Praxitelis Vuros (Olympiacós, APOEL)
- Nicos Vergos (Olympiacós)
- Jarálabos Licoyanis (Olympiacós)
- Dimitris Diamandacos (Olympiacós)
- Costas Mendrinós (Olympiacós)
- Thanasis Adrutsos (Olympiacós)
- Dimitris Nicolau (Olympiacós) / 1 gol
TRIUNFOS DE LA CANTERA
Campeones de la Super Liga
5 Super Ligas Sub-20 (2010, 2013, 2015, 2016, 2017)
6 Super Ligas Sub-17 (2010, 2011, 2015, 2017, 2018)
3 Super Ligas Sub-15 (2014, 2016, 2020)
Liga de Juveniles de la UEFA
5 temporadas: (2013-14, 2014-15, 2015-16, 2016-17, 2019-20)
Mejor temporada: 2014-15 (octavos de final)
25 partidos (7 victorias, 8 empates, 10 derrotas)
Mayor victoria: 4/11/2014: Juventus-OLYMPIACOS 0-3
Máximos goleadores en las competiciones de la UEFA: Nicolaos Vergos (6)
Jugador con más partidos disputados en UEFA: Qazim Laci (17)
Next Gen Series
1ª Temporada (2012-13)
Mejor temporada: 2012-13 (cuartos de final)
8 partidos (3 victorias, 3 empates, 2 derrotas)
Mayor victoria: 12/9/2012: OLYMPIACOS-Arsenal 2-0
Máximos goleadores en Next Gen Series: Nicolaos Ioanidis (3)
Jugador con más partidos disputados: Leandro, Siopis, Butsiotis, Liras, Ioanidis, Caragunis (8)
Jugadores de la cantera en ligas europeas
La cantera del Olympiacós ha formado a notables futbolistas que compiten no solo en el primer equipo del club sino en equipos de la Super Liga así como también en las grandes Ligas de Europa.
| Dimitris Eleftherópulos | Milan (Italia) | 2005-06 |
| GYanis Fetfatsidis | Génova (Italia) | 2013-15 |
| Panayotis Retsos | Bayern Leverkusen (Alemania) | 2017 |
| Praxitelis Vuros | APOEL (Chipre) | 2017 |
| Costas Tsimicas | Willem II (Holanda) | 2017 |
| Nicos Vergos | Real Madrid B (España) | 2016-17 |
| Jarálambos Licoyanis | Sturm Graz (Austria) | 2015-17 |
| Kiriacos Papadópulos | Hamburgo (Alemania) | 2017 |
| Aryiris Cambetsís | Borusia Dortmund (Alemania) | 2017 |
| Dimitris Diamandacos | Bochum (Alemania) | 2017 |
| Costas Fortunis | Kaiserslautern (Alemania) | 2011-2014 |
| Panayotis Coné | Fiorentina (Italia) | 2016 |
| Marko Jankovic | Partizan (Serbia) | 2017 |
| Costas Rugalas | Westerlo (Bélgica) | 2017 |
| Qazim Laci | Ajaccio (Francia) | 2017 |
| Mijalis Iliadis | Salernitata (Italia) | 2016-2017 |
| Nicos Ioanidis | Diosgyöri (Hungary) | 2017 |